Arbeiten mit FEM-Programmpaketen auf den Compute Servern des RZ
Compute Servern des RZ stehen die FEM-Programmpakete
zur Verfügung.
Auf dem HPC-Cluster sollen Jobs möglichst über das Batchsystem SLURM abgearbeitet werden. Kommandos des SLURM-Batchsystems sind
- sbatch: Job abschicken,
- scancel: Job löschen,
- squeue: Übersicht aller laufender und wartender Jobs.
HPC-Cluster ist ein Module-Konzept implementiert, über das die speziellen Umgebungen für die dort installierten Anwendungen gesetzt wird. Dieses Prinzip muss auch beim Absetzen eines Batchjobs beachtet werden. Dies soll am Beispiel eines MARC-Batchjobs verdeutlicht werden.
Bourne-Shell Beispiel:
Die Ressourcenanforderungen und die Kommandos für den Batchjob werden in die Datei run_marc_batch geschrieben. Inhalt von run_marc_batch könnte sein:
#!/bin/bash #SBATCH -p ether #SBATCH --ntasks 1 #SBATCH --cpus-per-task 4 #SBATCH --time=12:00:00 # Module initialisieren und Modul fuer Marc laden . /etc/profile.d/module.sh module add marc # ins MARC Arbeitsverzeichnis wechseln und MSC-MARC starten cd $HOME/marcdir run_marc -jid jidname -user userfile -sdir $TEMPDIR/marc -ver no
Hinweise zu MARC
- Die Option -ver no beim MARC-Aufruf ist absolut notwendig!! Die permanente Nachfrage bei "-ver yes", ob die angegeben Parameter stimmen, wird als Mail über's Netz geschickt und müllt damit den Mail-Server zu. Deshalb ist im Compute Server Cluster "-ver no" voreingestellt.
- Die MARC-Option -q für die Angabe der Queue kann nicht benutzt werden!