Gromacs

Programmbeschreibung

Auf der offiziellen Gromacs-Website findet sich u.a. eine Programmbeschreibung der GROningen MAchine for Chemical Simulations. Zitat:

GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.
It is primarily designed for biochemical molecules like proteins, lipids and nucleic acids that have a lot of complicated bonded interactions, but since GROMACS is extremely fast at calculating the nonbonded interactions (that usually dominate simulations) many groups are also using it for research on non-biological systems, e.g. polymers.

Gromacs am RZ der TUHH

Am Rechenzentrum der TU Hamburg-Harburg ist Gromacs in der Version 5.1 auf dem Bombus / Apis -Cluster installiert. Pfade und Umgebungsvariablen werden mit module load gromacs gesetzt.

Dokumentation

On-line Gromacs-Dokumentation

Ansprechpartner

Ansprechpartner für Gromacs in der TUHH ist Sven Jakobtorweihen aus dem Institut V-2 Chemische Reaktionstechnik.