Im Zentrum der Forschung von Thorsten Schüppstuhl stehen automatisierte Fertigungs-, Prüf- und Montagesysteme auf der Basis von Industrierobotern. Dabei geht es besonders um effiziente Produktionslösungen für große Werkstücke sowie den Leichtbau mit Verbundwerkstoffen und die effiziente Realisierung kleiner Serien. Anwendung findet seine Forschung beim Bau von Flugzeugen und bei Windkraftanlagen, Schiffen und Elektro-Automobilen sowie bei der Flugzeuginstandhaltung und in der Medizintechnik. Im Fokus stehen dabei Prozesse in der Montage und Qualitätskontrolle, beim Be- und Entschichten, beim Reinigen sowie in der industrierobotergestützten Fräs- und Oberflächenbearbeitung.
Wichtige Themenfelder am Institut für Flugzeug-Produktionstechnik sind kooperierende Multi-Robotersysteme, die Mensch-Maschine-Kooperation, mobile wie auch sensorgesteuerte Industrieroboter und barrierefreie Sicherheitstechnologien. Dazu gehören außerdem die 3D-Messtechnik und 3D-Navigation sowie die aufgabenorientierte Prozessplanung, Programmierung und Simulation.