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Das Institut wurde am 01.10.1983 unter dem Namen „Hilfsmaschinen und Automation“ an der Technischen Universität Hamburg-Harburg gegründet. Es ist aus dem Institut „Schiffshilfsmaschinen“ der Universität Hannover im Zuge der Verlagerung der Schiffstechnik von Hannover nach Hamburg entstanden. 1998 wurde der Name des Instituts in "Elektrische Energiesysteme und Automation" geändert.
 
Anfangs war das Institut im Wallgraben 55 (heute Martin-Leuschel-Ring, ca. 10 min. Fußweg vom Campus) untergebracht. Im Jahr 1984 erfolgte der Umzug in den Dampfschiffsweg 11 im Harburger Hafen. Dort war das Institut bis 1995 und zog dann nach Hamburg-Finkenwerder in ein gemeinsam mit der Deutschen Airbus genutztes neues Gebäude. Seit Beginn des Jahres 2000 lehrt und forscht das Institut im Technikum, dem traditionsreichsten Gebäude der TUHH in der Eißendorfer Str. 38.